1、办公室
       职能：承担省医学情报研究所党的建设与效能建设等日常工作；负责文电、会务、机要、档案、督查等日常运转工作，承担保密、信访、外事、信息化建设、安全生产等工作，负责资产管理及招标采购工作；负责单位人事管理、队伍建设及离退休人员服务管理等工作；联系工会。 
       负责人：张麟
       联系电话：0551-62828670

       2、财务室
       职能：负责制定本单位财务管理规章制度，承担本单位财务管理、预决算和资金使用等工作，负责国有资产的监督管理工作；承担安徽省医学会财务管理服务工作。
       负责人：金鑫
       联系电话：0551-62821959

       3、医学情报研究室（《安徽医学》编辑部）
       职能：负责科研管理和医学情报研究工作；负责《安徽医学》杂志的编辑出版工作。
       负责人：张迪
       联系电话：0551-62827688

       4、期刊管理部
       职能：负责意识形态把关；负责本所（本会）主办或代管期刊财务、运营等监督管理工作；监督指导期刊编辑委员会换届和重要业务开展。
       负责人：胡欣
       联系电话：0551-62841767

       5、医学鉴定工作办公室
       职能：负责省级医疗事故技术鉴定、预防接种异常反应鉴定、职业病诊断鉴定、计划生育手术并发症鉴定的组织和日常工作；指导市级相关鉴定业务工作。
       负责人：王松涛
       联系电话：0551-62820577

       6、继续医学教育办公室
       职能：负责全省继续医学教育规划、计划和制度的拟定与实施；负责全省继续医学教育实施与日常管理工作。
       负责人：陈孟夏
       联系电话：0551-62829118

       7、中医文献研究室（中医专长考核办公室）
       职能：负责中医药文献的收集、整理和研究工作；承担安徽省中医医术确有专长人员医师资格考核注册管理日常工作；协助开展安徽省名中医评选、名中医传承工作室建设评估和中医药文化宣传等工作；承办省中医药管理局交办的其他事项。
       负责人：李婷
       联系电话：0551- 62842243 

       8、中医药服务发展部
       职能：承担全省中医药政策调研和评估工作；承担全省中医医疗质量控制日常事务工作，协助开展中医优势专科、特色专科的评审评估工作；参与中医药项目管理和成果推广工作；承办省中医药管理局交办的其他事项。
       负责人：陈宁
       联系电话：0551- 62815351

       9、组织管理部（党群办公室）
       职能：负责省医学会理事会党委的日常工作和各专科分会党的基层组织建设工作；负责省医学会组织建设和专科分会的考核监督工作；负责省医学会理事会、常务理事会、会长办公会等会议的组织工作；负责中华医学会有关人选和表彰奖励相关事项的组织推荐和上报等工作。
       负责人：
       联系电话：0551- 62829782

       10、学术会务部
       职能：承担省医学会及所属专科分会学术活动、继续医学教育和相关学术会议的管理服务和监督检查工作；负责编制省医学会年度学术活动计划；组织开展医学科普、技术帮扶和评价评比等工作。
       负责人：孙士伟
       联系电话：0551- 62822919

       附：代管单位：中医药临床杂志社
       职能：负责《中医药临床杂志》的编辑出版工作。
       负责人：汪新安
       联系电话：0551-62821750